Реєстрація платником єдиного податку є безстроковою та може бути анульована шляхом виключення з реєстру платників єдиного податку за рішенням контролюючого органу. 

Контролюючий орган може прийняти рішення про виключення з реєстру платників єдиного податку суб’єкта господарювання: у разі подання платником податку заяви щодо відмови від застосування спрощеної системи оподаткування, у разі припинення підприємницької діяльності та у разі інших випадків, визначених статтею 298 Податкового кодексу України. 

Згідно з п.п. 298.2.3 п. 298.2 ст. 298 ПКУ платники єдиного податку зобов’язані перейти на сплату інших податків і зборів, визначених ПКУ, у таких випадках та в строки:

• 1) у разі перевищення протягом календарного року встановленого обсягу доходу платниками єдиного податку першої і другої груп та нездійснення такими платниками переходу на застосування іншої ставки – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) кварталом, у якому відбулося таке перевищення;
• 2) у разі перевищення протягом календарного року обсягу доходу, встановленого п.п. 3 п. 291.4 ст. 291 ПКУ, платниками єдиного податку першої і другої груп, які використали право на застосування інших ставок, встановлених для третьої групи, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) кварталом, у якому відбулося таке перевищення;
• 3) у разі перевищення протягом календарного року встановленого обсягу доходу платниками єдиного податку третьої групи – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) кварталом, у якому відбулося таке перевищення;
• 4) у разі застосування платником єдиного податку іншого способу розрахунків, ніж зазначені у п. 291.6 ст. 291 ПКУ, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) періодом, у якому допущено такий спосіб розрахунків;
• 5) у разі здійснення видів діяльності, які не дають права застосовувати спрощену систему оподаткування, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) періодом, у якому здійснювалися такі види діяльності;
• 6) у разі перевищення чисельності фізичних осіб, які перебувають у трудових відносинах з платником єдиного податку, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) періодом, у якому допущено таке перевищення;
• 7) у разі здійснення видів діяльності, не зазначених у реєстрі платників єдиного податку, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) періодом, у якому здійснювалися такі види діяльності;
• 8) у разі наявності податкового боргу у розмірі, що перевищує 3060 грн, на кожне перше число місяця протягом двох послідовних кварталів – в останній день другого із двох послідовних кварталів;
• 9) у разі здійснення платниками першої або другої групи діяльності, яка не передбачена у підпунктах 1 або 2 п. 291.4 ст. 291 ПКУ відповідно, – з першого числа місяця, наступного за податковим (звітним) кварталом, у якому здійснювалася така діяльність.

У разі виявлення відповідним контролюючим органом під час проведення перевірок порушень платником єдиного податку першої – третьої груп вимог, встановлених главою 1 розд. XIV «Спеціальні податкові режими» ПКУ, анулювання реєстрації платника єдиного податку першої – третьої груп проводиться за рішенням такого органу, прийнятим на підставі акта перевірки, з першого числа місяця, наступного за кварталом, в якому допущено порушення. У такому випадку суб’єкт господарювання має право обрати або перейти на спрощену систему оподаткування після закінчення чотирьох послідовних кварталів з моменту прийняття рішення контролюючим органом. 

Слід зазначити, що норми ПКУ не передбачають встановлення певної форми рішення про анулювання реєстрації платника єдиного податку. Таке рішення надається платнику податків у письмовій формі за підписом керівника контролюючого органу з обов’язковим зазначенням підстав для анулювання реєстрації платника єдиного податку.