Податковим кодексом України встановлено, що з 1 січня 2012 року в Єдиному реєстрі мають обов’язково реєструватися податкові накладні із сумою податку на додану вартість понад 10 тис.грн. 

Також, до Єдиного реєстру включатимуться податкові накладні незалежно від розміру податку в одній податковій накладній, виписаній при здійсненні операцій з постачання підакцизних товарів та товарів, ввезених на митну територію України (пункт 11 розділ XX "Перехідні положення"). 

Податкові накладні, не занесені до Єдиного реєстру, позбавляють права покупця на податковий кредит з ПДВ. 

Реєстрація податкових накладних або розрахунків коригування до податкових накладних у Єдиному реєстрі податкових накладних здійснюється не пізніше двадцяти календарних днів, наступних за датою їх виписки.